Entre las medidas discriminatorias, Fenadismer cita: limitaciones en el ejercicio de la actividad de transporte, ya que desde el año 1992 no se permite que cualquier cooperativa pueda ser titular de autorizaciones de transporte, con excepción de una sola categoría (la cooperativa de trabajo asociado), excesivo control por parte de la Administración y limitaciones en la aplicación del gasóleo profesional (la normativa obliga a las cooperativas a gestionar ante la Agencia Tributaria la devolución de sus asociados por un complejo sistema)
Además la pretensión de la Agencia Tributaria de modificar el régimen fiscal aplicable a las cooperativas de transporte respecto del que se venía aplicando en los últimos 20 años también ha provocado las quejas de Fenaismer, ya que lo considera carente de fundamentación y alejado de la realidad del funcionamiento de este tipo de entidades.
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